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Blog de Ibercivis

Para celebrar que España gana... estrenamos version de Fusion

Despues de un tiempo en el que han ocurrido inestabilidades con la aplicación de fusión (el validador dejó de funcionar bien y ocurrían algunos problemas si los usuarios cancelaban los trabajos), finalmente ya tenemos una versión que corrige estos bugs.

Ahora tenemos todas las aplicaciones en pleno funcionamiento, porque parece que materiales y docking van funcionando bastante bien, ¿no? (con la salvedad de este problema que ha surgido con la descarga del archivo de datos de docking en algunas máquinas).

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23 comentarios

manio -

Upps!
En mi anterior mensaje No compié bien el log:
09/12/2008 17:52:26

manio -

Hola:

No me gusta ser pesado, pero quiero participar en ibercivis y me he quedado sin tareas pendientes. El
servidor no me envía mas. Me constesta lo siguiente:

08/12/2008 17:26:26

manio -

Os envío una sugerencia/propuesta de mejora:
- Cuando se ejecutan por primera vez los clientes de ibercivis, la
estimación de la velocidad de la máquina es MUY optimista. Como consecuencia se
descargan más tareas de las que la máquina tendrá tiempo de terminar en el plazo
límite, lo que es un desperdicio de recursos de red (tanto para el servidor como para el cliente).

Concretamente por lo que veo en el log, supone que va a
terminar 1 tarea cada minuto, y está pidiendo trabajo para unos 500 minutos (30000 segundos),
así que intentará bajarse 1 tarea por minuto hasta 500.

Cuando la máquina termina el primer task (que en mi portatil P4@2Ghz son más de
40 minutos) se corrige el tiempo estimado por tarea, y deja de bajar tareas... pero ha tenido
tiempo de bajarse más de 40 tareas, que no tendrá tiempo de completar.

***Lo que os propongo, es que inicialicéis la estimación inicial por ejemplo a 7500s (30000s*1/4) por tarea. De esta forma, el cliente
se descargará inicialmente 4 tareas. En cuanto complete un resultado, ya se ajustará... pero mientras tanto no habrá estado pidiendo tareas a lo loco.


Un trozo del log del que he deducido esto es el siguiente:
07-Dec-2008 00:39:22 [ibercivis] Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 29594 seconds of work, reporting 0 completed tasks
07-Dec-2008 00:39:27 [ibercivis] Scheduler request succeeded: got 1 new tasks
07-Dec-2008 00:39:29 [ibercivis] Started download of molecule1445028.pdb
07-Dec-2008 00:39:42 [ibercivis] Finished download of molecule1445028.pdb
07-Dec-2008 00:41:13 [ibercivis] Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 29534 seconds of work, reporting 0 completed tasks
07-Dec-2008 00:41:18 [ibercivis] Scheduler request succeeded: got 1 new tasks
07-Dec-2008 00:41:20 [ibercivis] Started download of a_1.5_50.0_5.555_4.166.407.5.zip
07-Dec-2008 00:41:21 [ibercivis] Finished download of a_1.5_50.0_5.555_4.166.407.5.zip
07-Dec-2008 00:43:03 [ibercivis] Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 29500 seconds of work, reporting 0 completed tasks
07-Dec-2008 00:43:08 [ibercivis] Scheduler request succeeded: got 1 new tasks
07-Dec-2008 00:43:10 [ibercivis] Started download of a_1_52.5_7.500_7.500.407.5.zip
07-Dec-2008 00:43:11 [ibercivis] Finished download of a_1_52.5_7.500_7.500.407.5.zip
07-Dec-2008 00:44:53 [ibercivis] Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 29465 seconds of work, reporting 0 completed tasks


He instalado el ibercivis en tres máquinas este fin de semana, y en las tres ha pasado lo mismo.
(aunque he limitando el uso de disco a unos cuantos MB para que dejase de descargar).

manio -

Acabo de instalar el BOINC 6.2.19, y de unirme a ibercivis. El sistema se consigue descargar algunos paquetes de trabajo correctamente, pero la mayor parte de las veces da un log de error como el siguiente:

06-Dec-2008 20:41:10 [ibercivis] Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 29283 seconds of work, reporting 0 completed tasks
06-Dec-2008 20:41:15 [ibercivis] [error] Can't parse workunit in scheduler reply: unexpected XML tag or syntax
06-Dec-2008 20:41:15 [ibercivis] [error] No close tag in scheduler reply
06-Dec-2008 20:42:15 [ibercivis] Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 29283 seconds of work, reporting 0 completed tasks
06-Dec-2008 20:42:20 [ibercivis] Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
06-Dec-2008 20:42:20 [ibercivis] Message from server: Not sending work - last request too recent: 65 sec

Parece un problema en el servidor de tareas, pero qué se yo. ¿Tengo que reconfigurar algo?

davidmelenas -

Hola otra vez, por lo que pude mirar creo que ya se lo que le pasa, al parecer solo algunos trabajos funcionan con mi OS http://registro.ibercivis.es/apps.php
pues eso , ya me conteste yo :)
saludos

davidmelenas -

hola, tengo problemas con el ibecivis, el boin da mensajes de error
"menssage fron server:fusion is not avaliable for you type of computer" y lo mismo dice de resto,materiales128, docking, tengo el vista 64 con la version de boinc para vista 64 y el worl conmunity grid va perfectamente, sabria alguien decirme de que puede ser.
saludos

Ivan - FHARMAKOM - Xenon Computer -

Muy buenas, aprovecho para comentar un pequeño fallo que hay en la Web. Cuando estas dentro del apartado “Red Social” y pinchas en “Blog de Investigadores” Te muestra información sobre los tres proyectos y te deja pinchar en ellos. En el de de Proteínas esta mal puesto y marca toda la dirección Web primero y luego el nombre. Es una tontería, pero queda un poco rara la pagina con eso en el medio. Saludos y enhorabuena por el trabajo realizado.

Deuvedé -

Sí, no sabemos exactamene qué es lo que pasa, pero el validador sigue fallando al reconocer el CRC. Lo seguiremos mirando a partir del lunes. Cuando este todo bien, se darán todos los créditos pendientes.

José Luis Poveda Galdrán -

Ahora funciona todo bien, el Mac lo he reseteado y también parece ir bien.

imaum -

Now one task finished computation without any problems except progress indicator. Version 1.13 seems good. Thanks admins!! BTW, could you please tell us on the blog whether stats data could be used by the stats sites?

Jorge Mena -

Sobre el problema con docking que tuve, ahora parece que se ha solucionado.

Pero, me he dado cuenta que tengo unos 2500 créditos pendientes (parecen todos de fusión), algunos desde hace más de un día. ¿Es normal?
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Deuvedé -

José Luis: He sacado nueva versión para todas las plataformas de docking. Me he asegurado de que la proteína es correcta (que es lo que te estaba fallando). A ver si ahora desaparecen todos los fallos.

Respecto a los que dicen que no hay trabajo... No es que no lo haya, es que mi generador de workunits (programa que coge los inputs de los investigadores y genera trabajos para boinc) no puede ir más deprisa. La próxima semana tengo que paralelizarlo para que haya más de un generador al mismo tiempo

Ivan Rodriguez Delgado - FHARMAKOM - XENON COMPUTER -

Muy buenas “Terminal” El problema reside en ibercivis, ya que yo estoy actualmente en la misma situación que tu. Logro pillar algunas unidades sueltas para analizar de Docking, pero apenas hay unidades nuevas. Me imagino que un unos días tendrán todo bien. Además creo que han actualizado alguno de los motores de alguna paliación, pero no tengo ni idea de cual. Saludos a todos.

Canal@Boinc

Terminal -

Pues a mi, para una de fusion que pillo, me da validation error (que rabia!) y ahora me dice que no hay trabajo en ninguna!! soy yo o sois vosotros?

José Luis Poveda Galdrán -

No me había fijado en el mac, en él las unidades veo que están con "error de cálculo". El problema al que me refería se produce en linux, terminan con "descarga fallida"

Deuvedé -

Hola, supongo que te referirás a tu Mac Intel que veo por la base de datos. En teoría deberíamos haber quitado las dependencias, pero creo que ha habido algún problema en la actualización. ¿Puedes entrar en projects/registro.ibercivis.es/ de tu cliente y ejecutar a mano el archivo CDOCK_mac686.exe que está por ahí? El tamaño de dicho archivo debería ser 215936 bytes.
Si todo va bien, debería aparecer una lista de los argumentos que faltan en la llamada. Si no está bien, saldrá el conocido fallo por dependencias.
Gracias

José Luis Poveda Galdrán -

Hola David, estoy teniendo múltiples problemas para descargar las unidades de Docking en algunos ordenadores. ¿Se solucionará automáticamente o debo hacer algo en ellos? lo digo porque dentro de unos días los voy a dejar desatendidos...

Saludos, lo estáis haciendo bien.

José Luis Poveda (andrea.p)
Canal@boinc
(cambié la dirección de correo, la anterior ya no es válida)

Jorge Mena -

Sobre lo de docking, no he tocado esa máquina desde ayer por la mañana y el "último contacto" lo tiene el "27 Jun 2008 0:56:11 UTC".
En un par de horas miro si le ha pasado algo, si veo algo raro te comento.

Deuvedé -

Sí, este es el sitio donde poner las dudas. Vamos a ello.

En primer lugar, la versión de fusión que tienes esta obsoleta, estamos por la 1.31, de ahí los problemas de validación.

Respecto a lo de docking. La aplicación reporta el siguiente fallo:
No heartbeat from core client for 30 sec - exiting
Esto es que la aplicación termina y no encuentra el cliente. ¿Has parado el cliente sin querer?

Jorge Mena -

Os pongo un resumen de los problemas que voy viendo en los últimos trabajos terminados...

1. Docking: Me da errores en
http://registro.ibercivis.es/results.php?hostid=708

2. Fusión: De vez en cuando se validan a 0 créditos o dan error de validación
0 créditos: http://registro.ibercivis.es/results.php?hostid=5403
error: http://registro.ibercivis.es/results.php?hostid=530

3. Materiales64 en una máquina da siempre error:
http://registro.ibercivis.es/workunit.php?wuid=1073435
http://registro.ibercivis.es/workunit.php?wuid=1070235
http://registro.ibercivis.es/workunit.php?wuid=1070271
http://registro.ibercivis.es/workunit.php?wuid=1073435

Un saludo

PD: ¿Este es el mejor lugar para comentar los fallos, o hay un sitio sólo para ello?

Deuvedé -

Hoagie: No has tenido mucha suerte. Has devuelto los trabajos de fusión cuando el validador no estaba funcionando correctamente, pero supongo que añadí los créditos hace dos días. Mira alguna entrada más abajo.

Para Iván: La sequía de fusión es por la nueva versión. He dado tiempo a los antiguos trabajos para que volvieran y así empezar con el sistema vacío. Hoy habrá trabajos nuevos.

Ivan Rodriguez Delgado -

Pues aparentemente funcionan bien, todas las aplicaciones. Queda pendiente en Docking que marque el porcentaje de trabajo realizado y tiempo estimado, ya que fusión actualmente si lo hace. Mas unidades de materiales en general, que están desaparecidas momentáneamente de ibercivis, no cae ni una. Y con fusión, solo se me ocurre que pongan un salvapantallas, aunque sea rustico y que no falten unidades para analizar, que ayer a la noche hubo sequía tras la llegada de la nueva versión. Quisiera aprovechar desde aquí a daros las gracias a todos vosotros por la rapidez con la que estáis solucionando todos los pequeños detalles, que van quedando sueltos.

Iván Rodríguez Delgado
FHARMAKOM-XENON COMPUTER
Equipo: canal@boinc
1º Ordenador AMD en la clasificación de Ibercivis

PD: España el domingo ganara.

Hoagie -

Hola.
No sé si será problema del servidor, pero todas las tareas que he realizado esta tarde/noche no me han sido reconocidas. Esto es, se han enviado todas las tareas correctamente, pero no me reconoce los créditos (ni siquiera aparece en Créditos pendientes).

Saludos
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