Blog de Ibercivis

Dentro de este subproyecto se utiliza el software "gromacs v4.0.2" (http://www.gromacs.org) y "protomol v2.1.1" (http://protomol.sourceforge.net/) junto con las herramientas “zip 3.0” y “unzip 5.51” (http://www.info-zip.org/).

La Dinámica Molecular es un proceso de naturaleza infinita con caracteristicas empíricas, siempre sujeta a nuevas hipotesis y parametrizaciones. Por eso como parte estrategica de la adaptación, será descargada junto con cada fichero de entrada, una descripción especifica de la workunit en formato XML definida por el investigador a modo de script de shell.

Un ejemplo de este fichero se muestra a continuación:

<job_desc>
    <task>
        <application>unzip</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-o input.zip</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>grompp</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-f em -c dipeptide_b4em -p dipeptide -o dipeptide_em</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>mdrun</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-s dipeptide_em -o dipeptide_em -c dipeptide_b4pr -nov</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>grompp</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-f pr -c dipeptide_b4pr -r dipeptide_b4pr -p dipeptide -o dipeptide_pr</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>mdrun</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-s dipeptide_pr -o dipeptide_pr -c dipeptide_b4md</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>grompp</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-f md -c dipeptide_b4md  -p dipeptide -o dipeptide_md</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>mdrun</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-s dipeptide_md -o dipeptide_md -c dipeptide_after_md -nov</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>zip</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-9 output.zip dipeptide_em.trr dipeptide_pr.trr dipeptide_md.trr ener.edr dipeptide_after_md.gro md.log</command_line>
    </task>
</job_desc>

Los desarrolladores del proyecto deseamos recibir cualquier observación, duda, sugerencia que agradecemos por adelantado. En concreto queremos conocer la tasa de transferencia de resultados y vuestras capacidades especificas de red.

Un saludo de Rubén Muñoz