Nueva aplicacion neurosim disponible para Windows y Linux
Queridos voluntarios y voluntarias,
se encuentra disponible en Ibercivis la nueva aplicacion "neurosim" de Dinámica Molecular, que es una técnica de simulación que permite que modelos de átomos y moléculas interactúen por un período de tiempo dentro de un ordenador,aplicable entre otras muchas disciplinas a la neurociencia.
Vamos a realizar estudios conformacionales de dipeptidos y tripeptidos y obtener mapas probabilisticos que sirvan como informacion de entrada para el estudio del plegamiento de proteinas.
Dentro de este subproyecto se utiliza el software "gromacs v4.0.2" (http://www.gromacs.org) y "protomol v2.1.1" (http://protomol.sourceforge.net/) junto con las herramientas “zip 3.0” y “unzip 5.51” (http://www.info-zip.org/).
La Dinámica Molecular es un proceso de naturaleza infinita con caracteristicas empíricas, siempre sujeta a nuevas hipotesis y parametrizaciones. Por eso como parte estrategica de la adaptación, será descargada junto con cada fichero de entrada, una descripción especifica de la workunit en formato XML definida por el investigador a modo de script de shell.
Un ejemplo de este fichero se muestra a continuación:
<job_desc>
<task>
<application>unzip</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-o input.zip</command_line>
</task>
<task>
<application>grompp</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-f em -c dipeptide_b4em -p dipeptide -o dipeptide_em</command_line>
</task>
<task>
<application>mdrun</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-s dipeptide_em -o dipeptide_em -c dipeptide_b4pr -nov</command_line>
</task>
<task>
<application>grompp</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-f pr -c dipeptide_b4pr -r dipeptide_b4pr -p dipeptide -o dipeptide_pr</command_line>
</task>
<task>
<application>mdrun</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-s dipeptide_pr -o dipeptide_pr -c dipeptide_b4md</command_line>
</task>
<task>
<application>grompp</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-f md -c dipeptide_b4md -p dipeptide -o dipeptide_md</command_line>
</task>
<task>
<application>mdrun</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-s dipeptide_md -o dipeptide_md -c dipeptide_after_md -nov</command_line>
</task>
<task>
<application>zip</application>
<stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
<stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
<command_line>-9 output.zip dipeptide_em.trr dipeptide_pr.trr dipeptide_md.trr ener.edr dipeptide_after_md.gro md.log</command_line>
</task>
</job_desc>
Los desarrolladores del proyecto deseamos recibir cualquier observación, duda, sugerencia que agradecemos por adelantado. En concreto queremos conocer la tasa de transferencia de resultados y vuestras capacidades especificas de red.
Un saludo de Rubén Muñoz
22 comentarios
Supra Skytop -
Nike Shox Shoes -
enrique -
Buen día!
Rubén -
Deuvedé -
enrique -
saludos!
Deuvedé -
enrique -
saludos!
jordi -
Rompeolas -
Y aquí los detalles del error http://registro.ibercivis.es/result.php?resultid=69162485
Deuvedé -
markj -
Alejandro Rivero -
markj -
markj -
Jorge Mena -
WU de docking:
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=52602317
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53173949
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53177625
WU de materiales:
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53494333
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53520545
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53248197
Cada enlace lo he puesto de una máquina distinta
Creo que está pasando desde hace algún tiempo. Mirando mi media de créditos, desde principios de mes están cayendo lentamente, aunque es desde el día 11 cuando más rápido lo hacen (en 4 días, 400 créditos de media menos)
Saludos
Califa -
Por cierto, hablando de puntos, me complace compartir con todo el mundo que en CANAL@Boinc acabamos de superar los 10 millones de puntos en Ibercivis.
Un saludo.
Rafa Hens (El Califa)
www.canalboinc.com
Deuvedé -
Jorge Mena -
Lo digo, porque hace unos días me dio por mirar el ordenador de un usuario del top20 y descubrí que tenía un Athlon64 (creo) con una puntuación en coma flotante de 30 mil y pico, y al día siguiente de "50000.00" frente a los humildes "2257.67" de mi E6600...
Ahora tiene las máquinas ocultas, jeje
Saludos
Guiri-1 -
Deuvede -
Recuerdo a los usuarios de Ibercivis que para apuntarse a Neurosim, pueden hacerlo desde registro.ibercivis.es o desde www.ibercivis.es en Ibercivis->Tu cuenta->Subproyectos
@Guiri-1: Intenta probar a limitar la tasa de transferencia de subida en las preferencias, así no molesta tanto.
Guiri-1 -
Saludos