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Blog de Ibercivis

Nueva aplicacion “neurosim” disponible para Windows y Linux

Queridos voluntarios y voluntarias,

se encuentra disponible en Ibercivis la nueva aplicacion "neurosim" de Dinámica Molecular, que es una técnica de simulación que  permite que modelos de átomos y moléculas interactúen por un período de tiempo dentro de un ordenador,aplicable entre otras muchas disciplinas a la neurociencia.

Vamos a realizar estudios conformacionales de dipeptidos y tripeptidos y obtener mapas probabilisticos que sirvan como informacion de entrada para el estudio del plegamiento de proteinas.

Dentro de este subproyecto se utiliza el software "gromacs v4.0.2" (http://www.gromacs.org) y "protomol v2.1.1" (http://protomol.sourceforge.net/) junto con las herramientas “zip 3.0” y “unzip 5.51” (http://www.info-zip.org/).

La Dinámica Molecular es un proceso de naturaleza infinita con caracteristicas empíricas, siempre sujeta a nuevas hipotesis y parametrizaciones. Por eso como parte estrategica de la adaptación, será descargada junto con cada fichero de entrada, una descripción especifica de la workunit en formato XML definida por el investigador a modo de script de shell.

Un ejemplo de este fichero se muestra a continuación:

<job_desc>
    <task>
        <application>unzip</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-o input.zip</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>grompp</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-f em -c dipeptide_b4em -p dipeptide -o dipeptide_em</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>mdrun</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-s dipeptide_em -o dipeptide_em -c dipeptide_b4pr -nov</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>grompp</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-f pr -c dipeptide_b4pr -r dipeptide_b4pr -p dipeptide -o dipeptide_pr</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>mdrun</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-s dipeptide_pr -o dipeptide_pr -c dipeptide_b4md</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>grompp</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-f md -c dipeptide_b4md  -p dipeptide -o dipeptide_md</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>mdrun</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-s dipeptide_md -o dipeptide_md -c dipeptide_after_md -nov</command_line>
    </task>
    <task>
        <application>zip</application>
        <stdout_filename>stdout.txt</stdout_filename>
        <stderr_filename>stderr.txt</stderr_filename>
        <command_line>-9 output.zip dipeptide_em.trr dipeptide_pr.trr dipeptide_md.trr ener.edr dipeptide_after_md.gro md.log</command_line>
    </task>
</job_desc>

Los desarrolladores del proyecto deseamos recibir cualquier observación, duda, sugerencia que agradecemos por adelantado. En concreto queremos conocer la tasa de transferencia de resultados y vuestras capacidades especificas de red.

Un saludo de Rubén Muñoz

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22 comentarios

Supra Skytop -

Here you should have a goal for the year related to your life purpose. So our life will be full of hope and exciting. Do you think so?

Nike Shox Shoes -

Your weblog is so cool that I like it particularly a lot. As everyone understands respect is essentially the most important among people's life. Only respect every other to have along effectively and I think that leaving one's opinion is known as a behavior of respect.

enrique -

Ok, muchas gracias :)

Buen día!

Rubén -

Si. Los gráficos salen a una resolucion aceptable en Linux pero a muy baja resolucion en Windows, por lo que es un ejercicio de fe el que yo te diga que es una molecula de alanina. Estoy trabajando duro en u salvapantallas nuevo. Agradezco sobre todo el interés que te ha causado. Un cordial saludo, Rbén

Deuvedé -

Ah, vale :P, ya he pasado nota al que lleva la aplicación, a ver si sabe algo.

enrique -

Me refiero a los gráficos de la aplicación, como son los de esta captura: http://i43.tinypic.com/2i8akc4.png

saludos!

Deuvedé -

@enrique: Los gráficos de tiempos se ven bien. Lo único, la pantalla aparece bastante abajo. Si subes la barra de desplazamiento deberían verse.

enrique -

¿porque en neurosim al ver los graficos no se ve nada? parece que este codificado ! ¿?¿?

saludos!

jordi -

parece que hay mucha gente interesada en los puntos... acaso os ganais la vida colaborando en ibercivis? como he dicho colaborando...

Rompeolas -

Ahora las que están fallando son las de materiales128. Aquí pueden verlo http://registro.ibercivis.es/workunit.php?wuid=56934693

Y aquí los detalles del error http://registro.ibercivis.es/result.php?resultid=69162485

Deuvedé -

Tienes razón, nanoluz está fallando en todas partes. El fallo empezo a eso de las 12 de la noche y nos hemos dado cuenta hoy a primera hora. Las workunits ya están canceladas.
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markj -

ahora (24/2) los trabajos de nanoluz estan dando todos "compute error", al menos en MacOSX Intel (a lo mejor en Windows o Linux tambien, pero no lo sé).

Alejandro Rivero -

Lo siento. Un nuevo sistema de recepcion en multiples directorios, basado en FUSE, estaba funcionando perfectamente en pruebas pero de repente en produccion le ha dado por fallar, causando ocasionalmente el fallo en cadena de la validacion. Estamos atentos a ello y espero haber localizado el problema para final de esta semana.

markj -

...siguen tocando los "validation" errors, son una porción importante de los trabajos - así se quitan a uno las ganas de participar en ibercivis...

markj -

si, los "validation errors" son una pena...también me tocaron bastantes.

Jorge Mena -

Debe de haber algún problema con el validador de créditos, no hago más que hacer errores de validación.

WU de docking:
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=52602317
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53173949
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53177625

WU de materiales:
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53494333
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53520545
http://ibercivis.es:80/workunit.php?wuid=53248197

Cada enlace lo he puesto de una máquina distinta

Creo que está pasando desde hace algún tiempo. Mirando mi media de créditos, desde principios de mes están cayendo lentamente, aunque es desde el día 11 cuando más rápido lo hacen (en 4 días, 400 créditos de media menos)

Saludos

Califa -

El problema que comenta Jorge Mena es común. Durante el Raid con la alianza francófona lo detectamos en mas usuarios. Desde CANAL@Boinc siempre hemos defendido que el sistema actual de puntos terminará por ser insostenible. Y no lo digo por Ibercivis, sino por el conjunto de todos los proyectos Boinc. Equipos con casi 2.000 millones de puntos... es de locos... pronto no entrarán las cifras en la pantalla. Pero esto tendría que solucionarse en el conjunto de proyecto, tampoco estaría bien que lo hicieran solo en un proyecto.


Por cierto, hablando de puntos, me complace compartir con todo el mundo que en CANAL@Boinc acabamos de superar los 10 millones de puntos en Ibercivis.


Un saludo.


Rafa Hens (El Califa)
www.canalboinc.com

Deuvedé -

@Jorge Mena: Gracias. Estamos en ello.

Jorge Mena -

¿Sería posible usar créditos estáticos para los trabajos?
Lo digo, porque hace unos días me dio por mirar el ordenador de un usuario del top20 y descubrí que tenía un Athlon64 (creo) con una puntuación en coma flotante de 30 mil y pico, y al día siguiente de "50000.00" frente a los humildes "2257.67" de mi E6600...
Ahora tiene las máquinas ocultas, jeje
Saludos

Guiri-1 -

Lo tengo desde el principio, pero mi pc,doble nucleo proceso infitinas veces más rapido que sube unidades de 17MB...io me he quitado, no quiero que vean que al día tengo un rate en valor absoluto de MB transferidos mega bestial.

Deuvede -

Hola,
Recuerdo a los usuarios de Ibercivis que para apuntarse a Neurosim, pueden hacerlo desde registro.ibercivis.es o desde www.ibercivis.es en Ibercivis->Tu cuenta->Subproyectos

@Guiri-1: Intenta probar a limitar la tasa de transferencia de subida en las preferencias, así no molesta tanto.

Guiri-1 -

Pues yo me voy a quitar de inmediato. No pueod permitirme 17MB de subida por resultado,no os parece una barbarie?
Saludos
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