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Blog de Ibercivis

Estado de las aplicaciones

Buenas a todos y bienvenidos a Ibercivis. Soy David (aka Deuvedé) y voy a comentar el estado de las aplicaciones en Ibercivis.

Actualmente disponemos de tres proyectos: fusión, docking de proteínas y materiales. Si queréis aprender más sobre cada uno de ellos, no tenéis más que navegar a las secciones correspondientes en la web de ibercivis. Lo que voy a comentar es el estado de las aplicaciones de cada uno de estos proyectos.

Fusión:

La aplicación de fusión está disponible para todas las plataformas, y funciona correctamente en todas ellas. En estos momentos, los investigadores están afinando los parámetros del simulador gracias a las pruebas que se están lanzando estos días.

Se ha encontrado recientemente explicación a un bug en la aplicación que se experimenta cuando se cierra el cliente de Boinc mientras un trabajo de fusión se está calculando. Cuando el cliente vuelve a abrirse, la aplicación de fusión no arranca correctamente. La explicación, a priori (hay que comprobarlo con certeza), viene dada porque la aplicación de fusión encuentra los resultados medio calculados de cuando se cerró el cliente, decide que es un estado erroneo y acaba. Obviamente, esta situación conduce a un error de cálculo. Por supuesto, os mantendremos informados sobre el desarrollo para arreglarlo.

Quiero agradecer a los miembros del equipo Canal@Boinc, en especial a Andrea.p,Algol y El Califa, por señalar la causa de este fallo que me traía de cabeza las últimas semanas.

Materiales:

La aplicación de materiales está disponible para todas las plataformas excepto para Mac sobre PowerPc. Esta aplicación ha resultado un reto técnico ya que la duración de sus trabajos se mide en docenas de horas. Y ahora direis "¿Pero si en mi máquina está como media hora?". Lo que ocurre es que esta aplicación dispone de un sistema especial para dejar y continuar trabajos a medias. Por ejemplo, si un trabajo de materiales tiene 20 horas de cálculo, quiere decir que alrededor de 40 ciudadanos habrán colaborado en terminar este trabajo. Cuando un ciudadano realiza una porción del cálculo, devuelve el trabajo y éste es reenviado para su continuación.

Habreis observado que materiales tiene diferentes aplicaciones distinguidas por un número al final de las mismas (materiales16,materiales32,materiales64). Este número es un índice del tamaño de la simulación. Cada aplicación está optimizada para un tamaño concreto. Todas las aplicaciones están aproximadamente equilibradas para que la cantidad de cálculo sea la misma por unidad de trabajo, para que cualquiera de ellos esté la misma cantidad de tiempo en una máquina concreta. La diferencia entre ellas es que un trabajo de materiales64, por ejemplo, tiene que pasar por más ciudadanos para poder completarse.

La semana pasada, por un despiste del investigador encargado de este proyecto, se enviaron trabajos erroneos de materiales64. Estos trabajos exigían de las máquinas más cálculos que los que podían ofrecer. En el momento de postear esta entrada, estos trabajos ya deberían haber caducado y no deberían aparecer más, pero lo comento por si alguien se unió al proyecto la semana pasada y le cayó alguno de estos.

Docking:

La aplicación de docking está para todas las plataformas excepto para Mac sobre PowerPc y para cualquier máquina con Windows de 64 bits. Actualmente, el equipo encargado del desarrollo de las versiones de las aplicaciones para las diferentes plataformas está trabajando en las versiones que faltan. Habeis leído bien, ya existe versión para los Linux 64 bits puros.

Aunque la versión para Windows de 32 bits existe y funciona no se lanza por la forma que tiene el cliente de pedir los trabajos. Si el cliente de Boinc se instala en una máquina de 64 bits, entiende, por defecto, que dicha máquina es compatible con trabajos de 32 bits. Esto, actualmente, no tiene por qué ser así y ocurre que se sirven trabajos de docking de 32 bits a máquina de 64 bits, ocasionando fallos de cálculo. Esperamos tener las versiones que faltan la semana que viene y así poder lanzar este proyecto para todas las plataformas.

La aplicación de docking no tiene fallos conocidos. No obstante, esta aplicación consume bastante memoria virtual y nos consta que algunos usuarios experimentan pequeños parones cuando se libera de golpe dicha memoria porque el trabajo ha terminado. Este consumo es debido a la enorme complejidad que supone simular una proteína. Para los que les parezca mucho, les comento desde aquí que la primera versión de docking que paso por mis manos hace meses cuando empezaron las primeras pruebas, requería de un 1 GB de memoria virtual por trabajo. Ahora el consumo es menos de la tercera parte.

Y hasta aquí todo por hoy. Gracias por participar.Risa

Deuvedé

Edit: El fallo de fusión ha sido confirmado. Se ha comunicado a los investigadores para que cambién su código.

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6 comentarios

Rompeolas -

Hola de nuevo,

por lo que acabo de leer, parece ser que el problema debe estar en el servidor que recoge los datos para validarlos. Esto es lo que dice el comentario al respecto que he leido:

- Validar error: El trabajo ha sido enviado pero no ha podido ser validado, habitualmente porque los archivos de salida se han perdido en el servidor.

Un saludo.

P.D.: ¿Se podrían habilitar funciones en el blog para editar nuestros propios mensajes? Por ejemplo para cuando queremos añadir algo, como es mi caso ahora y así no tener que poner otro comentario extra :)

Rompeolas -

Buenos días,

acabo de darme cuenta de que todas las unidades de trabajo de fusion están dando errores de validación (Validate Error). Por lo que he podido ver, otros usuarios con sistemas operativos diversos (linux, windows, darwin...) tienen el mismo error.

Aquí dejo un enlace con una parte de la lista en la que pueden verse dichos errores: http://registro.ibercivis.es/results.php?userid=213&offset=100

Ruego echen un vistazo a ver qué puede ser.

Venga ánimo que están haciendo un gran trabajo.

Saludos.

Rompeolas -

Las estimaciones en los tiempos de trabajo siguen estando un poco al boleo, por encima en el caso de fusion y muy por debajo en el caso de materiales (de docking ni idea, aun falta que lo activen para windows x86). Esto, junto con los plazos de entrega tan justos ha causado que tenga que abortar varias veces los trabajos y reiniciar el proyecto incluso para evitar trabajar con cientos de trabajos fuera de plazo.

De momento pondré el buffer de trabajo adicional en menos de un día y veré si así puedo evitarlo.

Venga que ya queda menos para que funcione todo correctamente :)

Un saludo.
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Fuguilla -

Hola,

Tengo un problema desde que comencé con el proyecto.
En principio todo va bien, se crea la cuenta bien, accede bien al servidor y recibe las tareas pero a la hora de ponerse a calcular van pasando los egundos y no hace nada, no sube el porcentaje de la tarea realizada aparte no me sale el protecto de pantalla de ibercivis. Si quereis hechar un vistazo a mi tareas:
http://registro.ibercivis.es/results.php?userid=2275

Estos son los dos ordenadores en los que lo he probado:
http://registro.ibercivis.es/hosts_user.php

Gracias,

imaum -

Hello Admin from Tokyo JAPAN!
Im happy to see this great project.

All results of docking application are "computation error" on my MacBook (Core Duo 2.0GHz, 1GB ram). Please look into this problem.
http://registro.ibercivis.es/results.php?hostid=6

Thanks.
Best regards

Rompeolas -

Madre mía que cantidad de información. Muchas gracias por darnos estos datos y hacer todo esto más transparente. Ahora comprendo el por qué de los tiempos tan inmensos que predecían para materiales y los parones que daban a veces las unidades de docking al cargar cerca de 500MB en memoria RAM.

Mucha suerte y a seguir trabajando. Aquí en CANAL@BOINC estamos encantados de participar.

Un saludo.
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