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Blog de Ibercivis

Novedades sobre el proyecto Neurosim

En esta primera fase del proyecto hemos podido calcular con gran detalle numerosas propiedades estructurales características de los aminoácidos, que constituyen los elementos fundamentales de las proteínas. Para ello hemos realizado un número elevado de pequeñas simulaciones sobre cada aminoácido en distintas conformaciones. Estos cálculos, realizados en unos pocos meses en la plataforma Ibercivis hubieran supuesto más de 200 años de tiempo en un ordenador de sobremesa y alrededor de un año en un superordenador de cálculo científico que estuviera dedicado en exclusiva a este proyecto.

En estos momentos estamos realizando el análisis de la información suministrada por el conjunto de los ordenadores de la red. En base a dicha información, estamos planificando la siguiente fase, en la que calcularemos diversas propiedades estructurales sobre los tripéptidos. Entre los objetivos del análisis minucioso que estamos realizando en este momento se encuentra el establecimiento de una estrategia novedosa que permita optimizar el nuevo conjunto de cálculos usando menos recursos computacionales sin alterar la calidad de los resultados. Hay que tener en cuenta que en el caso de los tripéptidos tenemos que combinar una matriz de 20 x 20 aminoácidos, resultando 400 pares. Sobre cada uno de ellos se tiene que realizar una exploración conformacional de manera que se barra todo el espacio de posibles estructuras que puede adoptar la molécula al variar los 4 ángulos de torsión de la cadena principal de átomos que forman el esqueleto del tripéptido. Cada exploración supondrá calcular del orden de 17 millones de posibles geometrías, muestreando, de esta manera, todo el espacio conformacional con una precisión de 30º. Además, para cada geometría se realizará una dinámica suficientemente larga como para obtener información adecuada sobre las fluctuaciones en cada estructura. Es importante, pues, ajustar la magnitud del conjunto de cálculos en aras a poder aprovechar los recursos de computación de la plataforma Ibercivis y obtener así resultados científicamente relevantes. 

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1 comentario

linxiong -

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