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Blog de Ibercivis

Previsión de duración de la segunda fase de Amiloide

Previsión de duración de la segunda fase de Amiloide

Estimamos en 6 meses lo que nos podría llevar completar la segunda fase del proyecto Amiloide, en la que estudiaremos estructuras optimizadas de recepción TTR, siempre y cuando la tendencia del final de la primera fase de Amiloide continúe.

Utilizaremos las mismas librerias que en la primera fase por lo que calculamos que el número total de work units será de 4.519.146.

Tras esta segunda habrá una tercera fase en la que estudiaremos las estructuras de recepción de los TTR libres (no mutantes). Al finalizar esta tercera fase nos marcaremos nuevas metas como el probable estudio de las estructuras de recepción de TTR mutantes.

 

To provide an estimation of the number of calculations and total time for the second virtual screening campaign using an optimized receptor structure of Transthyretin (TTR).

Because we are using the exact same library of ligands (for comparisonof results across different TTR structures), the number of workunits to be sent is the as in the first screening campaign: 2259573 (and since each workunit comprises of 2 docking runs - one per TTR pocket -,  this represents a total of 4519146 docking runs).

Over the last months I have witnessed a constant increase in the Ibercivis performance for AMILOIDE. Therefore, I estimate a period of 6 months of calculations for this second campaign (including resending of the failed workunits).

A third campaign is envisaged for a third receptor structure of wild type TTR (no mutations). After that we will have to agree on further goals, which will probably include the use of mutant structures.

10 comentarios

zoqmg123 -

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Hoover544Palmira -

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linxiong -

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Manu -

¿Que es la nueva aplicacion Criticalidad?¿Que funcion desempeña?


Saludos

Manu -

No tiene nada que ver con Ibercivis pero me parecio muy interesante.


http://www.youtube.com/watch?v=AWZxvE5g5Pw&feature=related

[C@B] ljfc2001 -

Gracias por las buenas noticias.
Me gustaría proponer una cosilla.
¿Sería posible incluir badges (medallas), al igual que lo hace WCG? Como ibercibis también tiene subproyectos, sería muy interesante poder conseguir las medallas de bronce, oro, etc.
Es un tema que "pica" bastante.
Un saludo y seguimos cruncheando :-)

Manu -

CUDA Summer School
Europe
NEW! Professor Mike Giles at the University of Oxford has announced a new CUDA course
– When: July 26-30
– Where: University of Oxford
– Note: A 5-day hands-on course for students, postdocs, academics and others who want
to learn how to develop applications on NVIDIA GPUs using CUDA C.
– See: http://www.oerc.ox.ac.uk/events/course-on-cuda-programming%202010.

Barcelona Computing Week: Programming and Tuning Massively Parallel Systems
– When: July 5-9
– Where: Barcelona Supercomputing Center, Universitat Politecnica de Catalunya, Spain
– Instructors: Wen-Mei W. Hwu, professor of electrical and computer engineering,
Univ. of Illinois, Urbana-Champaign (UIUC) and David Kirk, NVIDIA fellow
– See: http://bcw.ac.upc.edu/

efren -

Aunque no tenga que ver con el tema pero ya que no tenemos un sitio donde poder preguntar temas en general tengo curiosidad por saber si la red ibercivis tiene previsto introducir proyectos Astronómicos o Astrofísicos dentro de su red.

un saludo

efren -

Fantástica noticia,le da al proyecto una durabilidad y esperanzas a mucha gente de poder obtener curas para esta enfermedad atronadora y destructiva.

un saludo

Javier -

Si seria bueno dar mas tiempo para que las unidades de trabajo puedan ser ejecutadas, ya que solo 24 horas es muy poco tiempo y muchas veces no dan tiempo a terminarlas.

Muchos de los trabajos termino cancelandolos por que veo que no da tiempo a terminarse y prefiero que se cancelen y se descarge unos nuevos. No puedo dejar trabajos de un dia para otro.