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Blog de Ibercivis

Parada técnica

Aprovechando una pequeña intervención de mantenimiento que teníamos previsto para hoy 28 de Julio, vamos a provocar una pequeña parada técnica durante el resto del día, que queremos aprovechar para comprobar la consistencia entre las diferentes copias de las bases de datos.

Para los interesados os puedo decir que en Ibercivis tenemos funcionando bajo MySQL cinco copias de la base de datos, distribuidas de la siguiente forma:

2  master, una en Zaragoza y otra en Madrid.

3  slaves, dos en Zaragoza y una en Coimbra.

Saludos a todos.

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Mr.Wilson, versión Cuda.

Hace unos dias comenzamos con las pruebas de esta aplicación en su versión CUDA, y como era previsible, nos hemos tenido que enfrentar al problema de los créditos.

Tras un pequeño debate interno se ha decidido que dado una workunit, las GPUs y las CPUs reciban la misma cantidad de créditos al realizarla, tenemos previsto mantener esta postura hasta el próximo congreso de Ibercivis, a realizar en Septiembre.

No obstante nos gustaría conocer vuestra opinión, ya que será un factor a tener en cuenta en ver cómo evoluciona este sistema de puntuación, para ello hemos abierto un hilo en nuestro foro

Muchas gracias por vuestra colaboración.

Mr.Wilson

Tras un periodo en el que nuestros betatesters han estado recibiendo esta aplicación, Mr.Wilson pasa a producción.

Un número primo de Wilson o número de Wilson, llamado así en honor al matemático John Wilson, es un tipo de primo p tal que p² divide a (p − 1)! + 1, donde «!» denota la función factorial. Tiene cierta similitud con el teorema de Wilson, el cual cita que cada número primo p divide a (p − 1)! + 1.

Hasta ahora, los únicos primos de Wilson conocidos son el 5, el 13 y el 563, sin embargo se ha conjeturizado que existen infinitos primos de Wilson.

Nuestra aplicación buscará estos primos entre 5x10^8 y 4x10^9, para ello comprobaremos si alguno de los primos de este intervalo es primo de Wilson. En la fase beta hemos comprobado 3.336.600 de estos primos.

Mas información en nuestra página web:

www.ibercivis.es

Foro de Ibercivis

Ibercivis ya cuenta con su propio foro, en el cual podréis seguir las noticias y comentarios de nuestros proyectos.

Podéis registraros directamente con vuestra cuenta de Ibercivis.

Foro Ibercivis

Novedades

Tras las pruebas comentadas en el post anterior, se ha comenzado a portar las diversas aplicaciones para windows 64 bits, de hecho, criticalidad ya está disponible para esta plataforma.

Por otra parte, hemos aumentado el tiempo de caducidad, pasando de 1 a 3 días.

Windows 64 bits.

Usando mingw hemos podido compilar el api de boinc para windows 64 desde un linux 64. ¿Qué quiere decir esto?, con el mismo código (bueno, casi el mismo), usando diferentes Makefiles podemos compilar desde una única máquina las versiones para linux32, linux64, windows32, windows64 y macOSX(32 bits-intel).

Para comprobar que funciona correctamente hemos lanzado una nueva aplicación en beta con el nombre criticalidad_w64. Si todo va bien, iremos compilando las diferentes aplicaciones para windows64.

Gracias al apoyo de los betatesters.

Muy scale invariant no somos

Muy scale invariant no somos

En vertical el numero de orden de cada participante y en horizontal los creditos obtenidos desde que funciona ibercivis.

A esto se le suele llamar Complementary Cummulative Distribution Plot, porque para cada punto del eje horizontal el vertical cuantos elementos hay con valores *mayores* que el que marca ese punto. Cambiada de signo, su derivada nos da la distribucion de probabilidad monda y lironda, y cambiando los ejes a esa distribucion tendriamos el plot de Zipf. 

A ojo, parte de nuestro grafo tiene un exponente -1.3, lo que en la distribucion de probabilidad nos daria -2.3 y en la de Zipf algo asi como 0.44

Las citas a articulos cientificos se sabe que tienen exponente -2, pero casi todo en internet suele tener exponente -1, o si hilamos muy fino, una zona con exponente digamos -0.8 y otra entre -1.1 y -1.3. El numero de followers en twitter tambien ajusta a -1.276, segun un articulo de Kwak, Lee, Park y Moon.

Hacer varios trabajos simultaneos en ibercivis bajo Linux, Windows, Mac...

Ahora ya es posible, uno de nuestros usuarios de Ibercibis "Mario Perez" nos comentaba en facebook:

"Hola , soy usuario de linux y con la virtualbox instale un xp , se me ocurrio instalar boinc en el sistema virtual , y ohhhh sorpresa , va muy bien aunque solo me lee un procesador , computa bastante deprisa .

Asi que ahora puedo hacer mas trabajos , unos con linux y otros con windows al mismo tiempo . 

Con lo que ganas mas creditos , uso un portatil y no se calienta en exceso si confiramos bien las preferencias .

Bueno no soy ni mucho menos un experto pero creo que es buena idea .

Espero les sirva de ayuda ."

Si quieres saber más te dejamos el link de virtualbox, la aplicación desde la cual podrás instalar cualquier otro sistema operativo dentro del que usas habitualmente y lo mejor de todo, sin hace ninguna partición en el disco duro: http://www.virtualbox.org/

Previsión de duración de la segunda fase de Amiloide

Previsión de duración de la segunda fase de Amiloide

Estimamos en 6 meses lo que nos podría llevar completar la segunda fase del proyecto Amiloide, en la que estudiaremos estructuras optimizadas de recepción TTR, siempre y cuando la tendencia del final de la primera fase de Amiloide continúe.

Utilizaremos las mismas librerias que en la primera fase por lo que calculamos que el número total de work units será de 4.519.146.

Tras esta segunda habrá una tercera fase en la que estudiaremos las estructuras de recepción de los TTR libres (no mutantes). Al finalizar esta tercera fase nos marcaremos nuevas metas como el probable estudio de las estructuras de recepción de TTR mutantes.

 


To provide an estimation of the number of calculations and total time for the second virtual screening campaign using an optimized receptor structure of Transthyretin (TTR).

Because we are using the exact same library of ligands (for comparisonof results across different TTR structures), the number of workunits to be sent is the as in the first screening campaign: 2259573 (and since each workunit comprises of 2 docking runs - one per TTR pocket -,  this represents a total of 4519146 docking runs).

Over the last months I have witnessed a constant increase in the Ibercivis performance for AMILOIDE. Therefore, I estimate a period of 6 months of calculations for this second campaign (including resending of the failed workunits).

A third campaign is envisaged for a third receptor structure of wild type TTR (no mutations). After that we will have to agree on further goals, which will probably include the use of mutant structures.

Novedades sobre el proyecto Neurosim

En esta primera fase del proyecto hemos podido calcular con gran detalle numerosas propiedades estructurales características de los aminoácidos, que constituyen los elementos fundamentales de las proteínas. Para ello hemos realizado un número elevado de pequeñas simulaciones sobre cada aminoácido en distintas conformaciones. Estos cálculos, realizados en unos pocos meses en la plataforma Ibercivis hubieran supuesto más de 200 años de tiempo en un ordenador de sobremesa y alrededor de un año en un superordenador de cálculo científico que estuviera dedicado en exclusiva a este proyecto.

En estos momentos estamos realizando el análisis de la información suministrada por el conjunto de los ordenadores de la red. En base a dicha información, estamos planificando la siguiente fase, en la que calcularemos diversas propiedades estructurales sobre los tripéptidos. Entre los objetivos del análisis minucioso que estamos realizando en este momento se encuentra el establecimiento de una estrategia novedosa que permita optimizar el nuevo conjunto de cálculos usando menos recursos computacionales sin alterar la calidad de los resultados. Hay que tener en cuenta que en el caso de los tripéptidos tenemos que combinar una matriz de 20 x 20 aminoácidos, resultando 400 pares. Sobre cada uno de ellos se tiene que realizar una exploración conformacional de manera que se barra todo el espacio de posibles estructuras que puede adoptar la molécula al variar los 4 ángulos de torsión de la cadena principal de átomos que forman el esqueleto del tripéptido. Cada exploración supondrá calcular del orden de 17 millones de posibles geometrías, muestreando, de esta manera, todo el espacio conformacional con una precisión de 30º. Además, para cada geometría se realizará una dinámica suficientemente larga como para obtener información adecuada sobre las fluctuaciones en cada estructura. Es importante, pues, ajustar la magnitud del conjunto de cálculos en aras a poder aprovechar los recursos de computación de la plataforma Ibercivis y obtener así resultados científicamente relevantes. 

Construir red

¿que vamos a hacer con los datos del concurso? Lo primero, durante el verano, construir la red, claro. Registrando quienes se van apuntando al arbol, que estructura tiene, en que día se va añadiendo cada nodo, etc.

A partir de ahi, dependera de los tamaños alcanzados, para que sea suficientemente significativa para los cientificos y puedan modelizarla, y de la disponibilidad que percibamos de los participantes, en cuanto a arrancar otros experimentos a traves de la red montada o comparandola con las redes de ibercivis desplegadas en plataformas comerciales (recordad que estamos en facebook, tuenti, ...)

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Durante el mes de Mayo, el proyecto AMILOIDE ha concluido la primera ronda de evaluación de componentes

 

Desde el lanzamiento de la primera WorkUnit del proyecto AMILOIDE, en Octubre de 2009, y hasta Mayo de 2010, se han enviado 2.259.573 WorkUnits a traves de BOINC en Ibercivis. De estas aproximadamente el 80% han sido validadas como correctas, lo que representa una media de 8.600 Wu’s al día o 258.000 al mes. Los errores más frecuentes se han producido por trabajos cancelados (74%), seguido de errores de computación (23%) y por último un 3% de errores de descarga. El rendimiento computacional de este experimento ha sido sorprendente; Ibercivis ha suministrado al proyecto AMILOIDE 350.000 horas de tiempo de CPU durante los primeros 7 meses de ejecución.  

 

El análisis de los resultados obtenidos es bastante prometedor, se han encontrado compuestos con afinidad molecular con la proteína TTR.

El proyecto AMILOIDE continuará con el reenvío de los trabajos fallidos y con estructuras tridimensionales objetivo TTR alternativas. 

 

 

During the month of May, the AMILOIDE project ended the first round of compound screening

Since the launch of the first production WorkUnit of the AMILOIDE-Ibercivis project, in October 2009, and until May 2010, all 2,259,573 WorkUnits have been sent out to BOINC clients on Ibercivis. Of these, approximately 80% have been reported as successful results. This represents an average of 8600 WorkUnits per day, or 258,000 WorkUnits per month being validated. Client errors are mostly due to aborted jobs (74%), followed by compute errors (23%). Download errors account only for 3% of the errors. The computing performance of this experiment is impressive: the Ibercivis platform provided the AMILOIDE project with above 350,000 hours of CPU time during the first 7 months of execution.

Analysis of the docking results being returned are very promising indicating that the compounds found hold distinctive features from the known TTR binders, with better solubility, more tolerable halogen fraction and better combination of binding pocket affinities.

The project will continue runing with the re-submission of the failed jobs,
and with alternative TTR tridimensional structures as targets.

proporciones

Mirando la base de datos de hosts, salen mas o menos estos porcentajes:

Macs4.7%
Linux14.8%
Windows 714.17%
Windows Vista16.5%
Windows XP46.0%

Hay tambien algo de Windows Server, mas en la edicion 2003 que en la 2008.

La cantidad de RAM de las maquinas casi es una gausiana centrada entre el giga y los dos gigas. Tenemos un 4% de maquinas de tan solo 512 megas (con menos, no llega al 0.5%), y otro tanto por encima de los cuatro gigas. 

Una mayoria absoluta (61%) de maquinas tiene dos nucleos, y aun hay un 18% de maquinas mononucleo.

Los anchos de banda se centran en el megabit para la bajada y los 100 Kbits para la subida.  Como para la RAM, el log del ancho de banda ajusta muy bien a una gausiana, y lo podemos ver en plan medio lleno o medio vacio: hay un porcentaje relevante de maquinas que no pueden asumir mas de 100 Kbits por segundo a la hora de entregar, pero tambien hay un porcentaje relevante que puede entregar a mas de 400Kbits, y un 2% de ibercivis puede asumir un mega de subida.

En cualquier caso, esto nos da bastante capacidad de output, si consideramos que un run tarda una hora, en ese tiempo se pueden transferir tranquilamente 60 megabytes.

En cuanto a 32 contra 64, no hay estadisticas claras, porque como mucho uno tiene datos del OS y no del chip que hay por debajo. En el caso de linux, un 42% de los sistemas operativos son de 64 bits. En windows son un 12%. Claro, visto en general se puede decir que Ibercivis tiene un 1% de linux a 64 bits y un 10% de maquinas windows 64, por lo que habria que darles prioridad. Lo que pasa es que el port de 64 bits a linux sale "de gratis" con el compilador, y el de windows hay que tener librerias disponibles de MinGW o CygWin.

Novedades Premios Ibercivis 2010

Novedades Premios Ibercivis 2010

Al igual que otros años hemos premiado a los usuarios que más horas cedían a Ibercivis, esta vez queremos premiar a los usuarios que inviten a más amigos a unirse a Ibercivis. En breve comenzará el concurso, consulta este documento para ver como ganar los premios (esta en versión borrador y sujeto a cambios).


Ademas de optar a premios, vamos a lanzar una nueva aplicación científica que aprovechará la colaboración de todos vosotros a la hora de invitar a amigos: modelizar vuestras interacciones sirve para estudiar y predecir otros sistemas complejos como pandemias, etc.

Si tienes cualquier duda, sugerencia o idea de mejora no dudes en contactar con nosotros en info-ibercivis@bifi.es

!Muchas gracias y mucha suerte! !Estad atentos porque los premios empezarán pronto!

Participa en los nuevos premios de Ibercivis 2010 y colabora con IberNet: un experimento científico de redes sociales!

Participa en los nuevos premios de Ibercivis 2010 y colabora con IberNet: un experimento científico de redes sociales!

Ibercivis va a poner en marcha una nueva aplicación científica cuyo objetivo es estudiar el comportamiento de redes complejas, cómo se organizan, cómo se transmite la información en su interior y otras propiedades relacionadas.


Ibercivis pues, pasa a investigarse a sí mismo. Esta investigación tiene aplicaciones en temas tan importantes como la propagación de la información en cualquier sistema social, la propagación de enfermedades, los movimientos socio-culturales, etc.

Este tipo de experimentos en general son difíciles dado que no es simple encontrar a miles de personas dispuestas a participar en los mismos. Y sin un número elevado, los resultados carecen de relevancia científica.

En Ibercivis contamos con miles de personas interesadas en la Ciencia. Hasta ahora prestaban sus equipos informáticos para hacer investigaciones. Ahora queremos ir un poco más allá y pedimos a todos los participantes que os convirtáis en parte directa del experimento, en investigadores activos.

Las preguntas básicas que nos haremos son:

 

  • ¿Cómo se propaga la información en Internet?
  • ¿Cuáles son los mejores modelos para describir lo que pasa en la realidad?
  • ¿Se puede predecir el comportamiento de Redes Sociales Complejas?
El experimento consistirá en que cada persona registrada en Ibercivis podrá invitar a participar a cuantas personas desee, sean ya parte de Ibercivis o no. Las personas que acepten su invitación y se registren en Ibercivis, serán hijas de la anterior. Se irá conformando así un gran número de árboles genealógicos. Para el experimento será también
importante conocer las invitaciones enviadas, sean o no aceptadas.

El responsable científico de estudiar la topología, ver la evolución y analizar el funcionamiento de la red es el Dr. Yamir Moreno, investigador del BIFI y una referencia mundial en este  área de la ciencia.


Para animar la actividad y el crecimiento de Ibercivis, los participantes en el experimento podrán optar si lo desean a varios premios como reconocimiento a su trabajo, que estarán basados esencialmente en el número de descendientes que obtenga cada uno.
En breve publicaremos los detalles del experimento y las normas
precisas para optar a los premios.

 

Estar actualizado todavía más sencillo ¡Facebook, Tuenti y Twitter!

Estar actualizado todavía más sencillo ¡Facebook, Tuenti y Twitter!

Ibercivis se extiende por las redes sociales. Hace unas semanas sólo podías informarte sobre las novedades de Ibercibis bien en nuestra web o bien en Facebook, ahora también es posible gracias a nuestros perfiles en  Tuenti y Twitter.

Nuestra apuesta para difundir el proyecto Ibercivis por las redes sociales es claro, esperemos que los 632 amigos de Facebook y los 137 de Tuenti dentro de muy poco crezcan, se consoliden, compartan opiniones y como no, en definitiva, participen de lleno. ¡Nos vemos por las redes!

 

BIFI Organiza: "Curso de computación avanzada" en Jaca (Huesca) del 5 al 8 de Julio

BIFI Organiza: "Curso de computación avanzada" en Jaca (Huesca) del 5 al 8 de Julio

 

El El Instituto de Biocumputación física y sistemas complejos (BIFI) organiza dentro de los cursos de verano de la universidad de Zaragoza un curso de computación avanzada, que tratará: supercumutación, grid, cloud, clusters, e innovación entre otros contenidos;

 

  • Plazas limitadas
  • Precio de la matrícula 50 € (coste cofinanciado- fondos FEDER- de ahí su precio)
  • 3 créditos de libre elección (30 horas lectivas)
  • Jaca (Huesca) del 5 al 8 de Julio
  • Alojamiento (a cargo del alumno, consultar disponibilidad y precio aquí )

 

¡No lo dudes! es una gran oportunidad para conocer de la mano de investigadores punteros el stado actual y tendencias futuras de la computación vanzada. ¡Te esperamos!

Más información aquí / matrículas: aquí 

 

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¿Qué te interesa que se investigue en el futuro en Europa?

 

La Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (FECYT) ha emprendido una acción de sensibilización en la que los ciudadanos europeos van a poder hacer llegar a los máximos representantes de ciencia e innovación en Europa qué retos deben afrontar estos dos ámbitos en el horizonte 2030.Con motivo de la Presidencia Española de la Unión Europea durante el primer semestre de 2010, y con el apoyo del Ministerio de Ciencia e Innovación de España, la FECYT presenta a todos los ciudadanos de Europa esta acción innovadora y singular: la Agenda Ciudadana de Ciencia e Innovación.
Un marcador electrónico ubicado en el hall del Consejo Europeo de Bruselas reflejará a tiempo real los resultados de la participación ciudadana.

El proceso de participación estará activo hasta el 26 de mayo, momento en que los ministros y ministras europeos de ciencia e innovación reunidos en Bruselas recibirán los resultados finales de la Agenda Ciudadana de Ciencia e Innovación.

Descúbrelo en www.reto2030.eu/

 

¿Quién está incrementado el min_quorum?

Un usuario (gracias Fernando) nos indica que tiene ciertos problemas con workunits de materiales64 que tienen min_quorum= 2. ¿Cómo es esto posible si al crear las workunits de materiales64 decimos que explícitamente tengan min_quorum=1?.

Miro la base de datos, y...efectivamente, hay workunits de materiales64 con min_quorum=2.

Para entender bien este problema, es importante saber de la existencia de estas dos tablas en la base de datos:

  • app: Guarda la información de cada una de las aplicaciones de ibercivis, en el caso de materiales64 el campo target_nresults=2.
  • workunit: Guarda la información de cada una de las workuntits creadas, en el caso de materiales64, las workuntis se crean con target_nresults=1 y min_quorum=1.

Bueno, la solución está aquí, en este trozo de sched_send.cpp:

....

if (wu.target_nresults == 1 && app->target_nresults > 1) {
        if (g_wreq->trust) {
            if (config.debug_send) {
                log_messages.printf(MSG_NORMAL,
                    "[send] [WU#%d] sending to trusted host, not replicatingn", wu.id
                );
            }
        } else {
            DB_WORKUNIT dbwu;
            char buf[256];
            sprintf(buf,
                "target_nresults=%d, min_quorum=%d, transition_time=%ld",
                app->target_nresults, app->target_nresults, time(0)
            );
            dbwu.id = wu.id;
            if (config.debug_send) {
                log_messages.printf(MSG_NORMAL,
                    "[send] [WU#%d] sending to untrusted host, replicatingn", wu.id
                );
            }
            retval = dbwu.update_field(buf);
            if (retval) {
                log_messages.printf(MSG_CRITICAL,
                    "WU update failed: %d", retval
                );
            }
        }
    }

.....

es decir, si la workunit tiene target_nresults=1 y app tiene target_nresults>1 (el caso de materiales64), si el host no es trust (ha alcanzado cierta tasa de errores), al mandar el scheduler el result correspondiente a la workunit se hace un update en la tabla workunit, poniendo a target_nresults y a min_quorum el valor de target_nresults de la tabla app, misterio resuelto.

 

 

 

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